鉴于使用如 FMT 等成分不明的细菌群落所带来的风险，近期的大量研究都集中在寻找标准化的替代方案上。这些替代方案可以是单一物种（例如C. scindens，它已被证实能直接拮抗艰难梭菌的萌发和营养体细胞的生长），也可以是能够更广泛地恢复定植抗性和肠道多样性的微生物群组。目前临床上最有前景的生物疗法，如最近获批的 RBX2660 和 SER-109，都使用了源自人类肠道微生物群的复杂微生物组合。

RBX2660 旨在为复发性 CDI 提供一种标准化且受监管的制品，以达到与 FMT 相当的疗效。通过对一项随机、双盲、安慰剂对照的 III 期研究 (2017-01) 和一项 IIb 期研究 (2014-01) 的贝叶斯模型分析，证明了 RBX2660 具有临床意义的治疗效果。研究对象为经历过一次或多次 CDI 复发、且艰难梭菌检测（产毒菌株或毒素）呈阳性的成年人。这些患者在接受标准抗生素治疗后，按 2:1 的比例随机分配，分别接受盲法处理的单剂量 RBX2660 灌肠剂 (n = 180) 或安慰剂 (n = 87)。该研究的主要终点是治疗成功，定义为治疗后 8 周内未出现 CDI 相关的腹泻。模型分析显示，RBX2660 组的治疗成功率为 70.6%，而安慰剂组为 57.5%，RBX2660 组相比安慰剂组在治疗成功率上的改善幅度为 13.1%（95% 置信区间为 2.3–24.0）。在两个研究组中，大多数（>90%）成功治疗的患者能维持6个月不复发。RBX2660 的耐受性总体良好：RBX2660 组的治疗相关不良事件发生率高于安慰剂组，这主要由于轻度胃肠道事件（如腹痛和腹泻）的比例较高，未报告有严重的治疗相关不良事件。但需注意的是，RBX2660 仅在数量有限的免疫功能低下患者中进行了评估。

SER-109 是一种活体生物药剂，由封装在胶囊中的纯化厚壁菌门（Firmicutes）芽孢混合物组成，这些芽孢提取自健康人的粪便。因此，这种生物疗法所含的细菌种类显著少于 RBX2660。利用芽孢极强的韧性，它们可以安全度过包括乙醇处理在内的纯化过程，从而降低了 SER-109 被可传播致病微生物污染的风险。ECOSPOR III 是一项多中心、随机、安慰剂对照研究，招募了 182 名在过去 12 个月内经历过 3 次或更多次 CDI 发作（含入组时发作）的成年人。所有参与者均接受了标准口服抗生素治疗（万古霉素或非达霉素），并按年龄（<65 岁或≥65 岁）和所用抗生素进行分层随机分配，之后被随机分配接受 SER-109（约 3×10⁷个孢子菌落单位）或安慰剂，以四粒匹配的口服胶囊形式，连续三天每天服用一次。考虑到万古霉素或非达霉素在口服给药停止后仍可能残留在粪便中，因此在服用 SER-109 的前一晚，患者需服用 10 盎司柠檬酸镁（导泻剂），以防止残留药物使疗法中的细菌失活。值得注意的是，入组及疑似复发时必须进行毒素检测，以确保入组者为活动性 CDI 并准确评估终点。8周时，SER-109 组有 88% 的患者未复发，而安慰剂组为 60%，SER-109 组复发风险仅为安慰剂组的 0.32 倍。这种风险降低效果维持到了 24 周，未复发比例分别为 79%（SER-109 组）和 53%（安慰剂组）。各分层亚组均确认了疗效，SER-109 耐受性良好，未发生与药物相关的严重不良事件。

SER-109 在预防 CDI 复发方面优于安慰剂，这与微生物群组成以及次级胆汁酸浓度的显著变化密切相关。在给药后第 1 周即可观察到 SER-109 细菌的成功植入，并持续至第 8 周。与安慰剂组相比，SER-109 受体体内植入的菌种数量在第 8 周前始终保持在较高水平。随着 SER-109 的服用，肠道内促炎性的肠杆菌科（Enterobacteriaceae）显著下降，而厚壁菌门（Firmicutes）显著增加，这些增加的厚壁菌能够促进次级胆汁酸的合成。在第 8 周前的所有时间点，SER-109 受体体内次级胆汁酸较基线水平的增幅均高于安慰剂组。

这种受监管的生物疗法具有明确的有效性和安全性参数，将比目前与 FMT 相关的疗法提供更高的确定性；同时，用于 CDI 治疗的同类竞争产品也可能会陆续面世。 然而，生物疗法相当高昂的采购成本意味着，需要更充分的成本效益（cost-effectiveness）数据，才能确立它们在 CDI 治疗路径中的各自地位。